Probleme der genetischen Methode 
Kontamination und carry-over 
abrolute number of reads per Taxon 
120000 
100000 ] 
80000 — 
60000 — 
40000 + 
20000 + 
o — 
a] 
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N 
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Bl +2 
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1 
A 
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—\ 
B 
. 
fr 
vv 
a 
absolute number of ASVs per Taxon 
no_match 
|_| Amphibalanus improvisus 
'__ | Balanus crenatus 
+ Cladosporium cladosporioides 
Homo sapiens 
Mytilus trossulus 
— Acartia (Acanthacartia}) tonsa 
Mnemiopsis leidyi 
_  Mytilus edulis 
ı_| Nais elinguis 
Clava multicornis 
4ediste diversicolor 
Melita nitida 
Microsiphona potamos 
Mya arenaria 
__ Pleopis polyphemoides 
. ‚ Polydora cornuta 
„ Rhithropanopeus harrisii 
—__] Skeletonema costatum 
ı_ | Skeletonema marinoi 
Acartia (Acartiura) hudsonica 
m Alitta succinea 
{ Amathia gracilis 
Apocoarophium lacustre 
\. ' Aptinothrips rufus 
Balanus balanus 
_ . Baltidrilus costatus 
ı_ | Callithamnion corymbosum 
Canis lupus 
Chorda filum 
„ Cladosporium sphaerospermurr 
l_ | Delia platura 
'_ | Eurytemora affinis affinis 
ı_ | Gaillona rosea 
ı__ | Gammarus oceanicus 
Gammarus salinus 
_ | Gammarus tigrinus 
Gammarus zaddachi 
Gonothyraea loveni 
Hemigrapsus takanoi 
Kryptoperidinium triquetrum 
"| Leathesia marina 
Lumbricillus rivalis 
'_ | Macrostomum hystrix 
Monocorophium insidiosum 
Mytilopsis leucophaeata 
„| Palaemon elegans 
- Paranais botniensis 
Paranais litoralis 
Penicillium solitum 
Pseudogymnoascus pannorum 
i_ | Salmo salar 
7 Squamamoeba japonica 
Thalassiosira pseudonana 
‘1A Expertennetzwerk 
Wissen Können Handeln 
1.) Nach dem Mixen wurde für die DNA- 
Extraktion der Proben 666 ul verwendet, bei 
den Kontrollproben hingegen wurden 500 ml 
Ethanol filtriert. Das ist also etwa 750fach mehr 
Volumen bei den Kontrollproben. Um die 
Anzahl der reads vergleichen zu können 
mussten sie also durch 750 geteilt werden. Die 
häufigste Art in den _Kontroll-Proben 
(Amphibalanus improvisus) hätte also nach 
dieser Korrektur nur noch 245 reads insgesamt 
(6 Kontroll-Proben) oder 40 reads in einer 
Probe. 
2.) Die PCR-Reaktion ist eine kompetitive 
Reaktion. Bei der PCR bindet der Primer am 
ehesten an den Sequenzen der häufigsten 
Arten im Template. Da die Reaktion 
exponentiell abläuft, werden nach wenigen 
Zyklen nur noch die häufigsten weiter 
amplifiziert. In eine Kontroll-Probe, die aus 
reinem Ethanol besteht, werden die Rest DNA- 
Spuren in Abwesenheit von einem anderen 
Template amplifiziert. Würde man diese 
Spuren aber zu einem Template hinzufügen, 
das reich an DNA ist (wie unsere 
Sportbootsproben), würden diese Spuren im 
Template numerisch untergehen und 
wahrscheinlich keinen Einfluss auf das 
Endergebnis haben. 44